В 2009 г. на территории новгородского Кремля экспедицией Центра по организации археологических исследований Новгородского музея-заповедника был обнаружен ранее неизвестный памятник средневековой архитектуры – церковь Входа Господня в Иерусалим, построенная по заказу архиепископа Василия в 1336 -1337 гг., храм расписал в 1338 г.Исайя Гречин «с другы». Строительство церкви Входа в Иерусалим было составной частью обширной программы по обустройству новгородского Детинца и Владычного двора, которую осуществлял архиепископ Василий. После 1339 г. церковь редко упоминается в летописях. Точных сведений, когда была разобрана Входоиерусалимская церковь, нет. В сезон 2012 г. Архитектурно-археологической экспедицией Санкт-Петербургского государственного университета совместно с Новгородским музеем-заповедником были завершены исследования церкви Входа Господня в Иерусалим.
Обнаруженный храм – четырехстолпная одноапсидная постройка, сложенная из ракушечника и большемерного кирпича на известково-песчаном растворе. В ходе археологических работ в восточной части храма была обнаружены настенная роспись XIV века . Ввиду вероятности утраты живописи под новой засыпкой, фрагменты росписи были сняты с кладки и помещены в реставрационную мастерскую, где была проведена консервация живописи и смонтирована на жесткие основания для хранения в фондах музея.